В качестве основного инструмента анализа документа в системе «Антиплагиат» предлагается полный отчёт о проверке на заимствования, содержащий ранжированный список обнаруженных источников заимствований и полный текст проверяемого документа, в котором выделены заимствованные фрагменты текста.
Область поиска системы «Антиплагиат» включает несколько частей: проиндексированные страницы сети Интернет, коллекция полных текстов диссертаций и авторефератов Российской государственной библиотеки, коллекция полных текстов статей научной электронной библиотеки.